Как и у любого хирургического вмешательства, у синус-лифтинга есть абсолютные противопоказания. К ним относятся тяжелые системные заболевания, некомпенсированный сахарный диабет, психические расстройства, аллергия на анестетики, а также прием бисфосфонатных препаратов.
Относительные противопоказания включают в себя заболевания полости рта (кариес, гингивит, пародонтит и тому подобное), плохую гигиену.